يدور جدل داخل أروقة الجامعة الاميركية في بيروت، بسبب طبيعة ما نشر من معلومات حول الدخول السعودي الى AUB من بوابة مركز الدراسات الاسلامية، اضافة الى اعتماد سياسة جديدة، يقول البعض انها تستهدف "المؤيدين لخط المقاومة".

ما زاد الطين بلة، تسريب معلومات عن ملاحظة "خلفيات يمينية" تطبع تصرفات بعض المسؤولين في الجامعة، وهذه انسحبت ايضاً على بعض المدرسين الذين كوفئ بعضهم بتولي مسؤوليات في كليات.

واتت هذه الاتهامات في اثناء انعقاد مجلس امناء الجامعات الاميركية في نيويورك، الذي يعتبر المرشد الاعلى للجامعات الاميركية المنتشرة في عدد من دول العالم.

واللافت ان الاتهامات طاولت ايضاً مسألة الكاتب السعودي جمال خاشقجي (اغتيل في تركيا وتتهم السلطات السعودية بالوقوف خلف مقتله)، إذ لم يرصد ان اتخذت الجامعة اي موقف من القضية، على الرغم من الفورة التي هبت بسبب تعاطف عدد كبير من الاساتذة والطلاب في الجامعة مع القضية، علماً ان الجامعة الاميركية في بيروت ذات خلفية ثقافية وواحة حرية ثبت مراراً تأثيرها وانحيازها للحريات.

ويقدم بعض المراقبين ابعاداً اخرى للمشاكل، تتصل بسياق العقوبات المالية الاميركية، والفرز الذي تعيشه الجامعة اليوم، والذي يدور حول قاعدة "ما هو السبيل الافضل لتجنب العقوبات الاميركية والالتزام بها"، وهذا انسحب على سلسلة انتقادات تتعرض لها الجامعة، بسبب ما يسميه المعارضون "تضييق على الطلاب المؤيدين للمقاومة".